Tổ chức khối Warszawa gồm 2 phần: Ủy ban Cố vấn Chính trị với nhiệm vụ giải quyết các vấn đề liên quan đến chính trị của khối, Bộ Chỉ huy Phối hợp Lực lượng vũ trang Hiệp ước kiểm soát các vấn đề quân sự các quốc gia thành viên. Trụ sở được đặt tại Warszawa, Ba Lan. Đồng thời Tổng Tư lệnh Tối cao Lực lượng vũ trang thống nhất của Tổ chức Hiệp ước Warsaw là Thứ trưởng thứ nhất Bộ Quốc phòng Liên Xô và Tổng Tham mưu Liên hợp Lực lượng vũ trang thống nhất của Tổ chức Hiệp ước Warsaw đồng thời là Phó Tổng Tham mưu thứ nhất Lực lượng vũ trang Liên Xô. Vì thế, mặc dù là một liên minh an ninh tập thể quốc tế, nhưng Liên Xô đã thống lĩnh các lực lượng vũ trang của Hiệp ước Warszawa.